L’immunothérapie orale modifie-t-elle le microbiote des enfants ?

Une étude prospective portant sur 30 enfants souffrant d’une allergie 
alimentaire incluant l’APLV, révèle que l'immunothérapie orale modifie la 
composition du microbiote intestinal sans altérer sa diversité globale. Deux 
phyla bactériens, Bacteroidota et Verrucomicrobiota, surreprésentés chez 
les enfants allergiques, diminuent après traitement pour se rapprocher des 
niveaux observés chez les enfants sains. 

L’allergie alimentaire concerne environ 8 % des enfants dans les pays 
occidentaux, dont une part importante de polyallergies. L’immunothérapie 
orale (OIT) s’est imposée progressivement comme une option thérapeutique 
prometteuse, permettant une désensibilisation complète pour 80 % des 
patients, durable pour 30 % à 50 % d’entre eux.

Le rôle du microbiote intestinal dans la physiopathologie de l’allergie 
alimentaire est désormais bien établi. Un microbiote équilibré est 
protecteur, alors qu’un déséquilibre (dysbiose) augmente le risque d’allergie. 
De récentes études ont aussi montré que certains profils microbiens sont 
associés à la résolution ou au contraire à la persistance de l’allergie. 
En revanche, les connaissances restent limitées quant à l’impact de l’OIT sur 
le microbiote, notamment chez l’enfant. Une étude prospective a donc 
analysé les modifications du microbiote chez 30 enfants allergiques, avant 
et après la phase d’augmentation des doses de l’OIT. Leurs profils 
microbiotiques ont été comparés à ceux de 7 enfants non allergiques 
constituant le groupe témoin.

Une composition modifiée, sans perte de la diversité
L’analyse de la diversité alpha (richesse et équilibre des espèces 
microbiennes présentes dans un même échantillon), ne révèle pas de 
variation significative chez un même enfant après l’OIT. Il apparaît que cette 
diversité est significativement différente à T0 dans le groupe témoin et chez 
les enfants atteints d’allergie alimentaire, avec des indices témoignant d’une 
diversité plus élevée en termes de nombre et d’abondance des espèces chez 
les enfants allergiques.

L’analyse de la diversité bêta (différences de composition microbienne lors 
de la comparaison entre plusieurs échantillons) montre des différences, 
faibles mais significatives entre les groupes, après la phase d’augmentation 
des doses de l’OIT, révélant donc des modifications de la composition du 
microbiote après cette phase. Deux phyla sont particulièrement modifiées, 
Bacteroidota et Verrucomicrobiota, qui, alors qu’ils sont surreprésentés
chez les enfant allergiques avant OIT, sont moins abondants après, se
rapprochant des niveaux constatés chez les enfants non allergiques, et 
pouvant traduire une tendance vers la « normalisation » du profil microbien. 
En ce qui concerne les genres bactériens, aucune variation significative n’est 
constatée après l’OIT, mais plusieurs genres distinguent d’emblée les
enfants allergiques des témoins. 

En résumé, cette étude, la première à analyser l’impact de l’OIT sur le 
microbiote des enfants présentant une allergie alimentaire, montre que l’OIT 
entraîne une modification de la composition du microbiote sans altération
de la diversité globale. Elle révèle aussi que certains phyla évoluent vers un 
profil similaire à celui des enfants non allergiques. Pour les auteurs, cette 
étude permet une meilleure compréhension des effets de l’OIT et pourrait 
ouvrir la voie à des stratégies thérapeutiques intégrant des probiotiques,
selon le profil de microbiote individuel des jeunes patients, pour optimiser 
l’efficacité de l’OIT. 

_{Dr Roseline Péluchon
Bouabid T, Tremblay BL, Lavoie MÈ, et coll. Impact of oral immunotherapy on 
diversity of gut microbiota in food-allergic children. Pediatr Allergy Immunol. 
2025 Aug;36(8):e70156. doi: 10.1111/pai.70156}