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Impact des régimes alimentaires sur le microbiote intestinal
(D’après la communication du Dr Patrick Veiga, Jouy en Josas)
Le microbiome intestinal joue un rôle indéniable dans la médiation des effets de l'alimentation sur la santé, compte tenu de sa capacité à co-digérer les nutriments et à influencer la signalisation nutritionnelle vers plusieurs systèmes organiques. Une alimentation sous-optimale étant un facteur de risque majeur et un contributeur important aux maladies, il est essentiel, du point de vue de la santé publique, de comprendre les interactions multidirectionnelles entre les aliments que nous consommons, le microbiome intestinal et les différents systèmes organiques. En effet, ce domaine de recherche conduit à l'affinement des concepts et des stratégies nutritionnels visant à optimiser la santé par l'alimentation. Dans une revue récente (Sanz Y, et al. Nat Rev Gastroenterol Hepatol. 2025 ;22(8):534-555), les auteurs ont fait le point sur la manière dont les habitudes alimentaires et la consommation d'aliments façonnent les caractéristiques du microbiome intestinal, le mode d'action des interactions entre l'alimentation et les micro-organismes sur les systèmes immunitaire, nerveux et cardio-métabolique, et comment ces connaissances pourraient expliquer l'hétérogénéité des réponses alimentaires et soutenir les recommandations alimentaires basées sur les aliments ainsi que la nutrition médicale et de précision.
Plusieurs études ont montré que les fruits et les légumes sont des facteurs déterminants de la diversité alpha du microbiome intestinal. Dans une étude réalisée aux Etats-Unis (PREDICT 1) chez 1 002 patients, les hPDI (céréales complètes, fruits, légumes, noix, huiles végétales, thé/café) et l'HEI (Healthy Eating Index) sont les paramètres qui correspondent le mieux à la diversité du microbiome (Asnicar F, et al.Nat Med. 2021 ;27(2):321-332). Alors que certains microbes, tels que Prevotella copri et Blastocystis spp., étaient des indicateurs d'un métabolisme glycémique postprandial favorable, la composition globale du microbiome était prédictive d'un large panel de marqueurs sanguins cardio-métaboliques, notamment les indices glycémiques, lipémiques et inflammatoires à jeun et postprandiaux. Le panel d'espèces intestinales associées à des habitudes alimentaires saines recoupait celui associé à des marqueurs cardio-métaboliques et postprandiaux favorables, ce qui indique qu’un accès à grande échelle pourrait permettre de stratifier le microbiome intestinal en niveaux de santé généralisables chez les individus ne présentant pas de maladie cliniquement manifeste. La diversité des plantes est également corrélée à la diversité du microbiome intestinal dans une étude Nord-Américaine réalisée chez 1 762 personnes (McDonald D, et al. mSystems. 2018 15;3(3):e00031-18). Enfin, une étude Européenne (Suisse) très récente a montré chez 992 sujets qu’une faible consommation régulière de fruits et légumes est corrélée à la diversité alpha (Singh HP et al. Nat Comm 2025, in press). Des lacunes dans les connaissances demeurent et des efforts de recherche demeurent nécessaires pour progresser vers l'intégration de la science du microbiome à des conseils alimentaires plus précis afin de tirer parti du rôle de la nutrition dans la santé humaine. C’est l’objectif du projet de science participative French Gut qui a pour objectif de cartographier l’hétérogénéité du microbiote intestinal dans une population générale (adultes de plus de 18 ans mais aussi enfants de 3 à 17 ans), de comprendre les déterminants environnementaux du microbiote intestinal (alimentation, médicaments, mode de vie, maladies etc …) et de modéliser et prédire les trajectoires de santé. Le nombre total de participants prévu est de 100 000 en 2029 et 30 000 échantillons ont déjà été reçus. Sont collectées les données sur le microbiome (shotgun 20M), celles du SNDS, un questionnaire de santé et des données diététiques (FFQ général, FFQ prise de polyphénols, FFQ aliments fermentés) ainsi que des données spécifiques à l’île de la Réunion (PC CARI).
Régime alimentaire et microbiote dans les maladies métaboliques
(D’après la communication du Pr Karine Clément, Paris)
Tous les composants de l’alimentation influencent le microbiote et la barrière intestinale formant un trio complexe : hôte avec ses phénotypes cliniques (IMC, HBA1c et HomaIR) et de précision, microbiote (richesse, composition, entérotypes et fonctions) et diététique/mode de vie (score aHEI, DDS, eDII, scores de diversité). Le projet METACARDIS (METAgenomics in CARdioMetabolic DISease) coordonné par l’INSERM dans 6 pays Européens a étudié l’impact des modifications qualitatives du microbiote intestinal sur la pathogenèse des maladies cardio-métaboliques et des comorbidités associées. Il a inclus 1 643 sujets avec un questionnaire de fréquence alimentaire et une étude métagénomique (MGS). Les scores de mode de vie comprenaient l’aHei (healthy eating index), le SDS (Simpson Diversity Score), l’activité physique (RPAQ), la sédentarité et le tabagisme ainsi que le score QASD (dietary Quality, physical Activity, Smoking & dietary Diversity). Les résultats (Adriouch S et al. Gut Microbes 2025 ; in press) montrent que ce score combiné capte un effet global du mode de vie sur le microbiote et le métabolisme. Le microbiome est un médiateur significatif et environ 30 % de l’effet du QASD sur l’Homa-IR et 13 % de celui sur l’HbA1c passe par la richesse génomique microbienne. Deux trajectoires microbiennes distinctes ont été identifiées :
Le microbiome médie ainsi l’effet du score de mode de vie sur le métabolome sanguin (272 métabolites) : l’interaction est bidirectionnelle mais la voie dominante passe par le mode de vie, le microbiome et le métabolome/insulinorésistance. Parmi les perspectives cliniques envisagées, on se dirige désormais vers des interventions personnalisées fondées sur des biomarqueurs microbiome-métabolome.
